Чемпион Апертуры 2010 провёл в этом сезоне 17 игр (все в стартовом составе), забил 3 мяча.

Родился в Мендосе на западе Аргентины и стал заниматься футболом в молодёжных командах сильнейшей команды провинции — «Годой-Крус». С 2003 года выступал за основную команду «Годой-Круса» и в результате помог своему клубу впервые в истории выйти в элитный дивизион. 9 сентября 2006 года именно Перес стал автором первого гола клуба из провинции Мендоса в Примере Аргентины за всю историю — это случилось в матче против «Бельграно» из Кордовы.

В 2007 году перешёл в «Эстудиантес» и стал причастен ко всем успехам команды на международной арене в последние годы — к первому финалу в международных соревнованиях с 1971 года, которого команда добилась в 2008 году, дойдя до финала Южноамериканского кубка (поражение по сумме двух матчей от бразильского «Интернасьонала») а также к победе в Кубке Либертадорес 2009, которая стала четвёртой в истории клуба и первой с 1970 года. Энцо оба финальных матча начинал в стартовом составе.

Энцо Перес был вызван Диего Марадоной в сборную Аргентины на товарищеский матч против Ганы 30 сентября 2009 года, однако пока не сыграл за первую команду страны.